Por mais que Paper Mario: Color Splash seja um game com qualidade ímpar, quem é fã da série spin-off certamente percebeu as grandes mudanças sofridas. O jogo de papel no Wii U trouxe um sistema de batalha simplificado e não houve a inclusão de NPCs originais como em Paper Mario (N64) e em Paper Mario: The Thousand-Year Door (GC).

Em uma recente entrevista à revista Game Informer, Kensuke Tanabe, produtor de Color Splash, explicou as mudanças introduzidas no jogo. Segundo Tanabe, a escolha de utilizar personagens conhecidos ao invés de criar novos ou trazer antigos foi um pedido de Miyamoto.
"Mario não é uma IP que eu criei. Na posição de alguém que está pegando emprestado uma IP, acho que é algo natural mostrar respeito à pessoa que a criou e deixamos esse sentimento de respeito nos guiar. Como o Sr. Miyamoto, o pai do Mario, nos pediu para fazer um jogo apenas com personagens da família de Mario, acho que é natural dar o nosso melhor. Em outras palavras, nós não pensamos em trazer de volta velhos NPCs. 
A propósito, acho que Color Splash provou que ainda podemos fazer um jogo divertido, mesmo se nossos personagens originais não aparecerem como NPCs. E com essa essa crença, nós vamos continuar fazendo o nosso melhor."O produtor também foi questionado sobre o sistema adotado em Color Splash. Tanabe contou que a equipe de desenvolvimento prefere criar novos métodos e elementos do que reutilizar velhas ideias, como ...