Quem não se lembra da disputa entre Dr. Wily e Dr. Light no clássico Mega Man" Enquanto Willy era movido pela ganância e pelo desejo de conquista mundial, Light tinha como objetivo neutralizar as ações de seu antigo companheiro e trazer paz para o mundo. Contudo, o gênio do mal acabou construindo um robô revolucionário chamado Zero, que viria a ter fundamental importância em Mega Man X.

Quem é Zero" Zero foi o primeiro e único Reploid (robô com habilidade cognitiva semelhante aos humanos) desenvolvido pelo Dr. Albert W. Wily, um cientista do século XXI. O gênio do mal acreditava que seu projeto mais avançado poderia pôr um fim em Thomas Light e suas criações.

Infelizmente, Zero continha defeitos em seu programa cognitivo, tornando-o violento e desobediente.  Por conta disso, Wily o selou em um cápsula até que estivesse pronto. A cápsula, no entanto, continha o vírus Maverick, também desenvolvido pelo cientista, que desencadearia toda a problemática da série X.
O início do fim
Décadas se passaram e a cápsula onde Zero permanecia selado foi descoberta por um grupo de Reploids do século XXII. Após ser despertada, a criação de Wily mantinha sua personalidade violenta, destruindo tudo que estivesse em seu caminho. Por conta dessa conduta, Zero foi taxado de Maverick (robô que põe em risco a vida dos humanos).

Sem opções e com receio de perder seus companheiros, Sigma, o líder dos Maverick Hunters (um grupo de Reploid...